La fin de l'année a été rude pour l'attaquant allemand, qui en plus de l'élimination allemande au Qatar sans gloire, vit des moments difficiles en club.
Son bilan depuis le début de saison est assez famélique avec seulement 3 buts et 6 passes décisives en 16 apparitions. Son statut de titulaire est même en danger face à l'éclosion de Jamal Musiala au poste de milieu offensif.
Le poste, plus offensif d'attaquant est lui bouché par Eric Maxime Choupo-Moting. La dynamique offensive étant largement dans le sens du Camerounais qui compte 12 buts et 3 passes décisives.
Dans les colonnes du journal Bild, le président du club bavarois Hasan Salihamidžic a confié sur cette situation difficile pour Müller : "Thomas connaît la situation. Nous avons une équipe solide. C'est tout à fait normal au Bayern Munich. Quiconque jouera bien convaincra son entraîneur de le faire jouer dans les grands matchs. C'est le principe de la concurrence dans les grandes équipes."