Tenant du titre mais surtout représentant européen cette saison, le Paris Saint-Germain est exempté de premier tour et n'entrera dans la compétition qu'à partir des huitièmes de finale. Le club de la capitale recevra alors le LOSC pour ce qui constituera une revanche de la finale de la saison dernière.
Le tirage au sort des seizièmes de finale (25 et 26 octobre 2016) :
AS Nancy Lorraine – SM Caen
Stade Lavallois – Montpellier Hérault SC
Dijon FCO – FC Sochaux-Montbéliard
SC Bastia – EA Guingamp
Paris FC – FC Metz
FC Nantes – Angers SCO
Stade Rennais FC – FC Lorient
Toulouse FC – AJ Auxerre
Clermont Foot – Olympique de Marseille
Châteauroux – Girondins de Bordeaux
Le tirage au sort des huitièmes de finale (13 et 14 décembre 2016)
AS Monaco – Stade Rennais FC ou FC Lorient
Paris FC ou FC Metz – Toulouse FC ou AJ Auxerre
Olympique Lyonnais – SC Bastia ou EA Guingamp
AS Saint-Etienne – AS Nancy Lorraine ou SM Caen
Châteauroux ou Girondins de Bordeaux – OGC Nice
FC Nantes ou Angers SCO – Stade Lavallois ou Montpellier Hérault SC
Paris Saint-Germain – LOSC
Dijon FCO ou FC Sochaux-Montbéliard – Clermont Foot ou Olympique de Marseille
